地球已经很久没有遭受怪兽的侵害了，似乎恢复了和平。　　人类将目光进一步转向宇宙，因此对抗怪兽灾难的队伍规模也在逐步缩小。　　而就在这时，神秘宇宙漂浮体“斯菲亚”突然向地球发动攻击。地球与宇宙的联系被斩断，变成了“孤独的行星”。　　斯菲亚的恶魔之手也逼近了主角明日见奏大的日常生活，它不停地制造着破坏，

受到突如其来的怪兽袭击，地球上的人类几乎灭亡。为了人类最后的希望，由7名女性组成的TEAM·U守护着地球上最后的孩子。　　与此同时，因为听到呼唤而从其它宇宙前来的赛罗奥特曼、戴拿奥特曼和高斯奥特曼成功与TEAM·U会合。而侵略地球的幕后元凶百特星人，亦把魔手伸向地球上仅存的孩子……

空中响起奇怪的声音，人们一个接一个地倒下，并最终消失。出现在前往调查的精英部队GUTS-SELECT队员们面前的是，一波波来袭的外星人军团，以及驾驶着漆黑要赛艇“佐尔加乌斯”的支配者基贝尔斯教授，它妄图扭曲地球的天空。　　奏大等人陷入苦战，这时，一个神秘的女性从天而降，她似乎知道基贝尔斯的事情。拥有