《屠杀器官》的舞台将设定在赛拉耶佛核爆后的地球，此时部分落后国家爆发了一连串内战及民族冲突，在这血腥风暴之中，美国特殊情报部队「克拉维斯（クラヴィス）」发现了在阴影之下有一名叫「约翰?保罗（ジョン?ポール）」的美国人参与其中，约翰路过之处必定掀起腥风血雨，这让众人疯狂的 「屠杀器官」到底是什么？

　　作品主要围绕犀川研究室成员之一的犀川创平，以及犀川的恩师的女儿西之园萌绘两人展开，虽然萌绘并不是犀川研究室的成员，但参与了该研究室此次的研讨旅行，地点定在了妃真加岛。随后，在萌绘的提议下，犀川和萌绘前去拜访了座落在这座岛上的真贺田研究所，然而他们在那里的密室中发现了一具尸体。以此为契机，之后又连

　　和平的天空之国出现危机，年幼的艾尔公主被安达格帝国的夺走了。　　勇敢的少女索拉追着公主进到不可思议的洞穴，却来到洞穴连接的另一个世界“空都市”。　　索拉正惊讶电视、汽车是不是魔法道具的时候，安达格帝国追来了！　　没有时间吃惊了！必须早点把公主送回城堡才行……　　穿梭于两个世界之间，光之美少女的冒

　　少年×少女×付丧神。　　经过漫长岁月的器物，最终其有了“心”，即为付丧神的诞生。　　因付丧神将重要的人夺走，因而憎恨著期的青年·岐兵马。　　与六名付丧神同住，像“家人”般爱着他们的少女·长月牡丹。　　于千年之都的京都，两人相遇了，并一起同住。　　在前途多难的屋檐下，三者展开了交错的共同生活。　　

　　残酷的地下格斗继续进行着。　　王马第一战虽然赢了，但接下来就要面对吴之一族的强悍对手。王马将要如何杀出重围？

　　9岁的人类少年莲（宫崎葵 配音）痛失母亲，他拒绝亲戚的照顾，独自跑上熙攘的大街，偏巧遇到了偶然来人间寻找弟子的怪物熊彻（役所广司 配音）。怪物界的宗师（津川雅彦 配音）即将转生为神，接任他位置的人选将在猪王山（山路和弘 配音）和熊彻之间产生，但是没有嫡传弟子让熊彻希望渺茫。借此机缘，莲闯入了怪物

　　《屠杀器官》的舞台将设定在赛拉耶佛核爆后的地球，此时部分落后国家爆发了一连串内战及民族冲突，在这血腥风暴之中，美国特殊情报部队「克拉维斯（クラヴィス）」发现了在阴影之下有一名叫「约翰?保罗（ジョン?ポール）」的美国人参与其中，约翰路过之处必定掀起腥风血雨，这让众人疯狂的 「屠杀器官」到底是什么？

　　十鬼蛇王马走进了用凶暴的斗技者对打来解决公司纠纷的地下世界。别管钱了，他只想拼命战斗，取得胜利。

　　2008年――謎の勢力の出現により、　　アニメ、ゲーム、マンガ、音楽、鉄道、コスプレなどあらゆるオタク文化が排除された日本。　　グッズは収容され、保護の名のもとにオタクが弾圧されても、　　人々は自我を喪ったかのように疑問を持たない。　　秩序維持を担う組織「SSC」に蹂躙され、オタクは滅びたかに思

　　总有一天不论如何都要一起制作动画——上山高中动画同好会的5人向葫芦屋的甜甜圈如此起誓。她们毕业以后，分别在各自的岗位从事动画制作，并通过《第三飞行少女队》而接近了自己的梦想。　　4年后——。在动画的世界找到了自己的容身之所、逐渐成长起来的5人，开始面对新的苦恼和试炼。