死于东京皇家饭店电梯里的美国黑人青年被人发现后，警方展开调查，从死者遗物中，知晓其名叫焦尼，并推断其来日目的是为找寻生母。根据种种线索，警方来到某温泉，发现知情人已被杀害，但还是知晓了知名服装设计师八杉恭子（冈田茉莉子）当年曾与一美国黑人士兵在此同居之事，遂派警官栋居（松田优作）前去美国向纽约警察肖

经过生死考验的新免武藏（三船敏郎 饰）在僧人泽庵（尾上九郎又兵卫 饰）的举荐下侍奉大名，并更名宫本武藏。为了磨练意志和武艺，他离开等待自己的阿通（八千草薰 饰），四处云游挑战强者。　　一路上打败诸多高手的武藏挑战吉冈拳法道场，适逢馆主清十郎（平田昭彦 饰）外出，内中徒众一一落败，武藏留下挑战书扬长而

宿命的相逢之后，佐佐木小次郎（鶴田浩二 饰）苦练技艺，一心打败宫本武藏（三船敏郎 饰）。这之后，小次郎来至江户谋求官职，期间与同在江户的武藏邂逅，两人约定东门决斗。然决斗前夜，武藏致信请求将决斗延期一年。次日武藏和城太郎（樱井将纪 饰）、熊五郎（田中春男 饰）旅行来至乡下，师徒三人一面锄地耕作，一面