久住直树（绿川光 配音）是一个拥有着灰暗过去的男孩，五年前，一场可怕的意外夺走了他的双亲令他成为孤儿，同时也带走了他的记忆。一天，直树在偶然之中看到了一位美丽的天使少女从天而降，哪知道第二天，这个天使以转校生的身份成为了直树的同学，她的名字叫做天崎美琴（草柳顺子 配音）。　　在直树就读的莲美台学

故事的主人公一边是中学生哲雪和米娜娅，一边是以博士号为首的希望号、阳光号等铁胆火车侠。这些火车侠平时每天都各自飞驰在日本各地的高速铁路线上，运送着来来往往的旅客。可是，一个以快速魔头号为首的黑暗军团却处处专门与他们作对。这些坏蛋想尽了各种方法，比如搬错铁路的道叉、发明吸收火车侠能量的装置，以破坏火车